Анх 1966 онд Улаанбаатар хотын Эрүүлийг хамгаалах газрын харъяа Гуравдугаар амаржих газар нэртэйгээр төрөхийн 155 ор, 135 эмч, ажилтантай 1966 оны наймдугаар сарын 01-ний өдрөөс үүд хаалгаа нээн ажиллаж эхэлжээ.
Байгуулагдсан цагаасаа хойш өнөөдрийг хүртэл 50 гаруй жилийн хугацаанд үйл ажиллагаа явуулахдаа 1990-ээд оны зах зээлийн шуурганд өртсөн гашуун түүх бий.
Зах зээлийн эдийн засгийн харилцаанд шилжсэн улс орны нөхцөл байдлаас шалтгаалан нийслэлд төрөлт эрс багассан бөгөөд үүнтэй холбогдуулан. Эрүүл мэнд нийгмийн хамгааллын сайд, Нийслэлийн Засаг дарга бөгөөд Улаанбаатар хотын захирагчийн 1998 оны А/56, А/34 дүгээр тушаалыг үндэслэн Нийслэлийн эрүүл мэндийн газрын даргын 1998 оны хоёрдугаар сарын 28-ний өдрийн 28 дугаар тушаалаар тус амаржих газрыг татан буулгаж, орон тоо болон төсвийг одоогийн Эх хүүхдийн эрүүл мэндийн үндэсий төвд шилжүүлж байлаа.
Хэдийгээр амаржих газар татан буугдсан ч тухайн үеийн хэрэгцээ шаардлагын дагуу нэг жилийн дараа дахин байгуулагдсан билээ. Тухайлбал, нийслэлийн хүн амын өсөлт өдрөөс өдөрт нэмэгдэж, ялангуяа хүн ам олноор суурьшсан Баянзүрх дүүрэгт төрөлт эрс нэмэгдсэн тул Монгол Улсын Засгийн Газрын 1999 оны 114 дүгээр тогтоолын дагуу тухайн үед Зэвсэгт хүчний төв эмнэлгийн поликлиник байрлаж байсан барилгыг чөлөөлж, Эрүүл мэнд, нийгмийн хамгааллын сайд, Нийслэлийн Засаг дарга бөгөөд Улаанбаатар хотын захирагчийн 1999 оны А/289, А/233 дугаар тушаалаар Нийслэлийн гуравдугаар амаржих газрыг дахин байгууллаа. 1999 оны арваннэгдүгээр сарын 01-ээс эхлэн амаржих газрын бүтэц, зохион байгуулалтыг дахин эмхлэн байгуулж, 2000 оны наймдугаар сарын 14-ний өдрөөс нийт 45 ортойгоор үйл ажиллагаа нь албан ёсоор эхэлсэн түүхтэй.
Улмаар Нийслэлийн эрүүл мэндийн газрын даргын 2014 оны есдүгээр сарын 22-ний өдрийн "Харъяа эрүүл мэндийн байгууллагуудын нэршил, бүтэц үйл ажиллагааны чиглэлийг шинэчлэн батлах тухай” А/97 тоот тушаалаар “НИЙСЛЭЛИЙН АМГАЛАН АМАРЖИХ ГАЗАР” нэртэй болсон.
Тус амаржих газрын 150 ортой, төрөх эмнэлгийн зориулалттай “А”, “Б" гэсэн 2 блокоос бүрдсэн, зоорийн давхартай, 422 өрөө бүхий нийт 9926.64 мкв ашигтай талбайтай таван давхар шинэ байранд Нийслэлийн өдрөөр буюу 2015 оны аравдугаар сарын 28-ны өдөр шилжин орж, үйл ажиллагаагаа өргөжүүлэн ажиллаж байна.
Өдгөө эх барих, нярай, эмэгтэйчүүдийн 200 ор, 241 эмч, ажилтантайгаар нийслэлийн Баянзүрх, Сүхбаатар дүүргийн эх, нярай, эмэгтэйчүүдэд эрүүл мэндийн тусламж үйлчилгээ үзүүлж байна. Улмаар 2016 оны наймдугаар сараас эхлэн эмэгтэйчүүдийн 30 ортой тасаг нээж, цахим бүртгэл болон нэг цэгийн үйлчилгээ, эмэгтэйчүүдийн үзлэг оношилгоо бүхий амбулаторийг нээснээр үйл ажиллагааны цар хүрээ өргөжин тэлсэн.
2021 оны 11 дүгээр сарын 17-ны өдрөөс “Тогтвортой хөгжлийн зорилго”, “Алсын хараа 2050” Монгол Улсын урт хугацааны хөгжлийн бодлого, Монгол Улсын Засгийн газрын бодлого, 2020-2024 оны үйл ажиллагааны хөтөлбөр, хэрэгжилтийг сайжруулах зорилгоор нийслэлийн “Өргөө”, “Хүрээ”, “Амгалан” амаржих газрыг Эрүүл мэндийн яамны харьяанд шилжүүлж, эх, хүүхдийн эрүүл мэндийн тусламж, үйлчилгээний чанар, аюулгүй байдлыг сайжруулах, нэгдсэн удирдлагын хүрээнд Амгалан амаржих газар төрөлжсөн мэргэшлийн эмнэлэг болгон үйл ажиллагаагаа явуулж байна.
